Después que hayas acabado los cinco templos. Tendrás que dirigirte al Temple of Time para que por fin Sheik revele su verdadera identidad y te cuente lo que tendrás que hacer dentro del castillo. Ahora si dirígete a donde el Hyrule Castle se encontraba y te darás cuenta que ahora es el castillo de Ganon, dirígete hacia su entrada y verás como todas las sagas formaran y puente para que entres.

Ahora sí ya que estés dentro haz lo siguiente, baja las escaleras y pasa este cuarto donde no tienes nada que hacer, ahora sí entra en el siguiente cuarto veras la gran barrera, la cual no te deja pasar hacia donde esta Ganon, para destruirla tendrás que pasar los 6 cuartos que se encuentran a las orillas.

Primero dirígete al Shadow Room ( emblema morado ). Abre la puerta y prepara tu Longshot y dispáralo sobre el cofre de la izquierda, ponte tus Hover Boots y dispara una flecha de fuego hacia la antorcha que se encuentra a tu derecha, cruza a través de los bloques que aparecen y llega a la plataforma donde se encuentra el Blob, ahora utiliza el espejo (Lens of Truth), para ver los caminos toma el de la izquierda y presiona el switch y regresa con tu Longshot, con la ayuda del cofre que acaba de aparecer, toma los Gold Gauntlets fuera del cofre, toma ahora el otro camino y presiona el switch para pasar al siguiente cuarto, aquí solamente dispara una Light Arrow a la esfera que se encuentra ahí.

Ahora dirígete al Forest Room (emblema verde). Abre la puerta y mata al lobo, usa Din´s Fire para prender las antorchas y la última préndela con una flecha de fuego, ponte tus hover boots, y toma todos los diamantes, esperando que se apague el ventilador o con la ayuda de estos, acuérdate que un diamante se encuentra debajo del ojo, avanza al siguiente cuarto y destruye la esfera con una Light Arrow.

Dirígete ahora al Water Room (emblema azul), con una botella vacía toma fuego azul, y mata a los dos enemigos de hielo para abrir la puerta, y derrite ahora el hielo rojo con el fuego azul, en el siguiente cuarto empuja el bloque hacia donde se encuentra el fuego azul y de ahí hacia donde esta el hielo rojo, derrítelo y golpea el switch con tu martillo, para abrir el siguiente cuarto, en este cuarto solamente destruye la esfera con una Light Arrow.

Ahora sigue el Fire Room (emblema rojo), ponte tus Hover Boots y tu Goron Tunic, toma todos los diamantes que se encuentran y por último toma el último diamante que se encuentra detrás de la columna de piedra, para tomarlo solamente levanta la columna, en el siguiente cuarto solamente destruye la esfera con una Light Arrow.

Dirígete al Light Room (emblema amarillo), para entrar a este cuarto solamente levanta la columna de piedra que tapa la entrada al cuarto, entra y utiliza el espejo ( Lens of Truth ) para matar a los 4 vampiros y la skutulla, toma la llave y avanza al siguiente cuarto, toca Zelda´s Lullaby sobre la trifuerza para que obtengas otra llave, entra al cuarto y junta todos los diamantes, dos en las paredes, dos en el centro y el otro lo puedes alcanzar con tu hookshot, ahora avanza al siguiente cuarto y veras que la esfera no esta, sigue avanzando derecho hasta que llegues hacia el cuarto donde esta, ahora si destrúyelo con una Light Arrow.

Ahora solamente dirígete al último cuarto Spirit Room (emblema naranja) y entra, destruye el láser con bombas y toma todos los diamantes, y avanza al siguiente cuarto, golpea el diamante con un Spin Attack y avanza para obtener Bombchus, ahora con tu bombchu golpea el otro switch para que sigas avanzando, dispara una flecha de fuego para que entre la luz y ahora empuja la estatua, para que le de al de la derecha de la entrada (viendo hacia esta), y así sigas avanzando, ahora destruye la esfera con una Light Arrow.

Ahora si, tiempo de ir con Ganon, entra a la torre que se abrió, y avanza matando los enemigos del primer cuarto, sube escaleras y otra vez matas enemigos, vas a hacer esto unas dos o tres veces mas, y vas a obtener la Big Key, ahora por llegaras a un cuarto donde hay muchas jarras, no las rompas y sube las siguientes escaleras hasta que por fin llegues con Ganon.

GANONDORF: Ahora sí enfrentarás a Ganon, primero necesitas tener tu Master Sword lista y tus Hover Boots, ya que tengas eso dirígete a una orilla y cuando te ataque regrésale su poder con tu Master Sword una y otra vez hasta que le pegue, cuando le pegue rápidamente pégale con una Light Arrow y dirígete también rápidamente hacia el para que le pegues con tu espada, así tendrás que hacerle una y otra vez hasta que cambie un poco su ataque, ahora te va a lanzar una especie de bola negra que se divide en mucho fragmentos, se las tienes que devolver con un Spin Attack, para que le peguen y le vuelvas a pegar con tus Light Arrow y después con tu espada, ahora por fin lo has derrotado, ¿ o no?, pues no porque ahora tienes que huir con Zelda, esperando a que abra las puertas, una vez que llegues hasta abajo, por fin la última batalla con Ganon.

GANON: El objetivo para derrotarlo es darle con Light Arrow en su cara y cuando este aturdido pegarle en la cola con tu martillo, así vas a tener que hacerle hasta que baje el fuego que te rodea, poco a poco, y puedas salir por tu espada, ahora si sigue haciendo lo mismo hasta que por fin le puedas dar el golpe final, pero si te hacen falta flechas, o alguna otra cosa haz que Ganon destruya la columnas, y si en tal caso ya no tienes nada, lo único que puedes hacer es girar por debajo de sus piernas y pegarle en la cola con tus espada hasta que por fin Zelda lo ataque y puedas darle el golpe final.

Por fin has acabado el juego y recuerda que el final será según lo que hayas hecho es decir que si hiciste feliz a toda la gente, tienes los 20 corazones, y tomaste todas las skutullas, tendrás el mejor final pero si hiciste poco no esperes el final de los finales.